重要：トゥチャンカ-治療

ジェノファージ治療の最適なルートを見るためには、第1作目でレックスを生かしておき、前作でマエロンのデータを保持。

そして、本ミッション中にダラトラスの計画を明かすことが必須条件。

このルートではモーディンが死亡する代わりに治療薬の散布によって、ジェノファージは完治。

また、前作で発生するモーディンとの会話で歌を聞いているかによって台詞が変化。

レックス率いるクローガンのクランも戦闘資産に加わり、最終決戦に向けての総合軍事力が大幅に高まります。

その他のルートとしては、レックスが生存している場合に未完成の治療薬を散布するというルートも。

するとミッション「重要：セッシア」発生の際、シタデルを訪れると激怒したレックスが現れ戦闘に。

レネゲイドトリガーを実行するとレックスはシェパードによって射殺され、実行しなかった場合でも、C-secによって射殺。

レックスとアードノットのクランは戦闘資産から消滅し、総合軍事力は低下してしまいます。

尚、レックスではなくリーヴの場合は計画に気付くことはなく、最後までこのイベントが発生することもありません。

ジェノファージが治療され、レックスとイヴが生存しているとミッションの最後にイベントシーンが発生。

本ミッション終了後は、ミッション「重要：シタデル」が発生します。