プロローグ：地球-リーパーの襲撃

キャラクタークリエイトを完了させた後、本編がスタート。

前作のダウンロードコンテンツ「来襲」で起きたアルファリレイ破壊について、軍法会議にかけられていたシェパードは、6ヵ月間の拘束期間を経てアンダーソン大佐と共に連合評議会へ。

連合評議会がリーパーからの襲撃を受け、アンダーソンと共に脱出。

ピストル M-3プレデターを受け取り、スペースポートを目指します。

ビルの屋上を進んでいくと建物の壁をよじ登るハスクが現れ、梯子を伝って下に降りると更にハスクが出現。

すべて倒すと建物の中に入ることができるようになり、中ではメディジェルを回収可能。

二つ目のドアを開けようとすると一体のハスクが現れ、倒すとカットシーンが挿入。

ダクトの中に隠れている子どもを発見し、ここで選ぶ会話の選択肢によってパラゴン/レネゲイドが上昇します。

どの選択肢を選んだとしてもシェパードが目を離した隙に子どもの姿は消えてしまい、再び建物の中を進んで屋外へ。

外に出て負傷した連合の兵士と会話し、ここでカニバルが初登場。

カニバルはリーパーによって姿を変えられたバタリアンであり、リーパー勢力の兵士。