エピローグ-シェパード

実働軍事力が2800以上の場合、中央に新たな選択肢「シンセシス」が発生。

これは機械生命体と有機生命体を融合させるもので、有機生命体のエネルギーが必要になるため、シェパードは犠牲に。

「エクステンデッド・カット」で追加されるモノローグでは、寿命を超越する未来が訪れることが示唆される。

「シンセシス」を選択すると、本編でジェノファージの治療に失敗した場合でもジェノファージの影響は消え、更にクォリアンがスーツ無しで生活できるように。

選択に時間をかけすぎるか、カタリストを撃つと「現サイクルの滅亡」に。

カタリストとの会話ですべて拒否することでも発生し、クルーシブルは起動せずリーパーの攻撃を受けた銀河は滅亡。

数千年後、リアラが後世に遺したビーコンが起動し、現サイクルの情報を伝える。

尚、このルートでは、実績/トロフィーは獲得できないので要注意。

シェパードの選択によってすべてが終わった後、ノルマンディーは未知の惑星に不時着し、ゲームは終了。

「エクステンデッド・カット」ではここでのシーンが追加され、不時着したノルマンディーのダメージも最低限に。

「コントロール」「破壊」「シンセシス」に対応したモノローグ後、船内のモニュメントにアンダーソンとシェパードの名が追加。

修理が完了したノルマンディーは再び宇宙へと飛び、クレジット後には子供にシェパードの伝説について語る老人のシーン。